Giresun Üniversitesi, 2809 sayılı Yüksek Öğretim Teşkilat Kanunu’na, 01. 03. 2006 tarihinde ve 5467 sayılı Kanun ile eklenen 65. Madde ile kurulmuştur. Bu kanunla, Karadeniz Teknik Üniversitesi’ne bağlı Giresun Eğitim Fakültesi, Fen Edebiyat Fakültesi, İktisadî ve İdarî Bilimler Fakültesi, Giresun Meslek Yüksek Okulu, Tirebolu Meslek Yüksek Okulu, Sağlık Yüksekokulu ile Cumhuriyet Üniversitesi’ne bağlı Alucra Meslek Yüksek Okulu ve Şebinkarahisar Meslek Yüksek Okulu Giresun Üniversitesi’ne bağlanmıştır. Fen Bilimleri Enstitüsü ile Sosyal Bilimler Enstitüsü de bu süreçte kurulmuştur.