Üniversitemizin tarihi, 3 Temmuz 1993 tarih ve 3897 sayılı Kanunla Balıkesir Üniversitesi bünyesinde kurulan ve 18 Ekim 1993 tarihinde İktisat ve İşletme Bölümleriyle eğitim-öğretime başlayan Bandırma İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi’ne dayanmaktadır. Aynı yıl içerisinde, Bandırma Meslek Yüksekokulu eğitim-öğretime başlamış ve ilerleyen yıllarda da Gönen Meslek Yüksekokulu, Manyas Meslek Yüksekokulu, Erdek Meslek Yüksekokulu ve Bandırma Sağlık Yüksekokulu, Balıkesir Üniversitesi bünyesinde eğitim-öğretim faaliyetine başlamıştır. Bölgenin ihtiyacı ve bölge insanının yoğun talebi neticesinde, 23 Nisan 2015 tarih ve 6640 sayılı Kanunla Balıkesir’in ikinci üniversitesi olarak Üniversitemizin kuruluşu gerçekleşmiştir.